
Основа сюжета состоит в противостоянии учёных и военных на фоне любви главных героев. Аки Росс, прекрасный учёный, была заражена инопланетным фантомом и только благодаря работам доктора Сида смогла выжить и продолжить поиск способа нейтрализации фантомов. Когда об этом узнал Совет Земли, главнокомандующий вооружёнными силами Земли генерал Хейн, приказывает капитану Грею Эдвардсу следить за доктором Росс, а при первых признаках контроля фантомом её сознания — арестовать и доставить для дальнейшего «изучения».
Желая подстегнуть Совет Земли в ускорении применения орбитального орудия Зевс, генерал Хейн решился на отчаянный поступок и отключил на время защиту Нью-Йорка. Но включить её обратно не удалось и город в считанные минуты был уничтожен фантомами.